در زمینه مشکلات شرکت های دانش بنیان در خصوص تجاری سازی و توسعه بازار، میتوان به مواردی از قبیل مسائل مرتبط با تأمین اجتماعی و حق بیمه قراردادها، تسهیلات و مدل های تأمین مالی، رقابت‌های غیرمنصفانه بخش‌های دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی با شرکت‌های بخش خصوصی، خروج نخبگان از شرکت ها و مسائل مرتبط با حفظ و نگهداشت منابع انسانی در شرکتها، ورود در بازارهای دولتی و مناقصات دولتی به خصوص به دلیل عدم شفافیت بازارها اشاره کرد.

یک محور، تسهیل فضای کسب و کار است. مشکلاتی که شرکت‌های دانش بنیان با آن در این زمینه مواجه هستند مشابه با مواردی است که سایر شرکت های تولیدی با آن مواجه هستند. به عنوان مثال علیرغم تفاهم معاونت علمی و فناوری با سازمان تأمین اجتماعی مبنی بر اینکه بیمه قراردادهای شرکت های دانش بنیان در حوزه محصولات دانش بنیان با معرفی معاونت علمی و فناوری از ایشان اخذ نشود. ولی همچنان برخی از شعب تأمین اجتماعی به خوبی این دستورالعمل‌ها را رعایت نمی کنند. این موضوع علی رغم همکاری ستاد تأمین اجتماعی با معاونت علمی و فناوری به خوبی اجرا نمی‌شود. لذا یک نارضایتی و گلایه مندی از جانب شرکت های دانش بنیان در این زمینه  هست و البته باعث افزایش هزینه ها و چالش های اداری شرکت های دانش بنیان شده و هزینه های پیدا و پنهان آنها را افزایش داده که نیازمند پیگیری عمیق تر و جدی تر است.

برخی از دیگر مشکلات شرکت های دانش بنیان که در این حوزه با آن درگیر هستند، مسئله طولانی شدن فرآیندهای اخذ مجوز کسب وکار است که در این زمینه شرکت های دانش بنیان گلایه‌هایی را منعکس می کنند. به هرحال مجوزهای مختلفی برای تولید محصولات شرکت های دانش بنیان لازم است که اخذ باید شوند و دستگاه‌ها و وزارتخانه‌های مختلف و متعددی در این زمینه دخالت دارند و با این موضوع درگیر هستند و هماهنگی بین وزارتخانه‌ها و دستگاه‌ها و تسریع در فرآیندها اقدام لازمی است که باید صورت بگیرد تا فعالیت‌های شرکتهای دانش بنیان با سهولت و سرعت بیشتری انجام شود. در این خصوص معاونت علمی و فناوری در قالب تعاملات و همکاری های فیمابین با سایر وزارتخانه‌ها و دستگاه‌ها به دنبال رفع چالش‌ها و تسریع در فرآیندهای موجود برای شرکت های دانش بنیان است، که اقدامات مؤثری در دولت سیزدهم صورت پذیرفته است.

در موضوع تسهیلات و منابع مالی مورد نیاز شرکت‌های دانش‌بنیان واقعیت این است که درصد بالایی از این شرکت ها هنوز از خدمات بانکی و صندوق های مرتبط با حوزه فناوری استفاده نکرده اند. شاید بخشی از این موضوع به دلیل سختگیری ها و فرآیند پیچیده ای است که در مسیر اخذ تسهیلات برای شرکت ها طراحی شده و آنها را در این مسیر با چالش مواجه می‌کنند. به عنوان مثال سرمایه صندوق نوآوری و شکوفایی بعد از سال‌های اولیه تأسیس آن هنوز افزایش قابل توجهی نداشته است. اگر چه منابعی در قانون جهش تولید دانش بنیان که اخیراً به تصویب رسیده و پیش‌بینی شده ولی واقعیت این است که هنوز این منابع تخصیص پیدا نکرده اند و عملاً با کمبود منابع در این زمینه مواجه هستیم. در این زمینه دولت باید اقدام به تجهیز منابع مالی کرده و هم استفاده از ابزارهای نوین مالی از جمله ابزار بازار سرمایه در این زمینه کمک بگیرد.

موضوع مهم دیگری که بعضاً برای شرکت های دانش بنیان تبدیل به چالش شده است، مسئله توسعه بازار آنها است. به هر حال مسئله بازار یک موضوع حیاتی برای شرکت‌های دانش‌بنیان است و هم فعالیت شرکت ها نهایتاً باید منجر به فروش بیشتر و حضور قوی تر آنها در بازارهای داخلی و خارجی شود. در حوزه بازارهای داخلی ما با موانعی مواجه هستیم که از جمله آنها می‌توان به مسئله عدم شفافیت و عدم پایداری بازارها و تقاضاهای مرتبط با محصولات دانش بنیان در بخش‌های دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی اشاره کرد. به هر حال دولت به عنوان یک بخش اقتصادی بزرگ نیازمندی های دارد که این نیازمندی ها با توجه به تأکیدات مقام معظم رهبری (مدالظله العالی) باید با اولویت شرکت های دانش بنیان داخلی تأمین شوند. در بعضی از بخش های دولتی همچنان نگاه به خرید از خارج از کشور و واردات فناوری ها و محصولات خارجی وجود دارد و ترجیح آنها این است که همچنان مشابه با دهه های قبل واردات از خارج از کشور صورت گیرد. برخی از محصولاتی که به طور سنتی از خارج از کشور وارد می‌شوند، باید زمینه‌سازی مناسبی صورت گیرد که این محصولات در داخل کشور تولید شوند. مانند تکنولوژی هایی که به طور سنتی سالانه باعث خروج مقادیر زیادی ارز از کشور می‌شود. در این زمینه‌ها دولت موظف است که تمهیدات جدی بیندیشد برای اینکه بازار مناسبی را به فعالیت های دانش بنیان اختصاص دهد و در عین حال ما نیازمند کمک های جدید دولت برای توسعه بازارهای صادراتی شرکت های دانش بنیان هستیم. 

حضور در بازارهای صادراتی برای محصولات با فناوری بالا سختی ها و پیچیدگی‌های زیادی دارد اما در برخی از زمینه ها به عنوان صادرکننده سنتی در بازار هستیم و حضور ما در آن بازار نیازمند اخذ تأییدیه ها و رقابت با رقبای سخت و پیچیده نیست. مثل حوزه های نفت و گاز، صنایع دستی و صنایع غذایی که البته در این حوزه‌ها ما اکنون با مشکلاتی مواجه هستیم. ولی پیچیدگی‌های صادرات محصولات دانش بنیان به سایر کشورها بسیار بیشتر است و رقبای جدی تری در بازار وجود دارد، لذا برای اینکه صادرات محصولات دانش بنیان بتواند به صورت جدی دنبال شود، حتماً مستلزم کمک های بخش مختلف اعم از وزارت امور خارجه و سایر نهادهای مرتبط میباشد.

با توجه به شعار سال 1401 و تأکیدات رییس جمهور، دبیرخانه رفع موانع تولید دانش‌بنیان به ریاست معاون اول رییس جمهور و دبیری معاون علمی و فناوری رییس جمهور برای حل مسائل و مشکلات و توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان در بخش‌های مختلف دولت در حال پیگیری است.