با ورود امام خمینی به ایران در 12 فروردین 1357، اولین اقامتگاهی که برای رهبر انقلاب اسلامی در نظر گرفته شده بود، مدرسه رفاه بود. مدرسه‌ای که پیش از انقلاب توسط افرادی همچون شهید باهنر، شهید محمدعلی رجایی، آیت‌الله بهشتی و مرحوم هاشمی رفسنجانی و برخی دیگر از شخصیتهای سیاسی و بازاری مبارز تاسیس شد تا علاوه بر تربیت اسلامی دختران دانش‌آموز، از این مدرسه برای پوشش فعالیت‌های انقلاب استفاده کنند. 

حاج مهدی غیوران از موسسان مدرسه رفاه و مبارز انقلابی، درباره شکل‌گیری مدرسه گفته بود " 11 نفر بودیم؛ شهید بهشتی، شهید باهنر، آقای توکلی و چند نفر دیگر از بازار و چند نفر هم افراد عادی بودند که هیئت مدیره مدرسه رفاه را تشکیل می‌دادند. دکتر بهشتی تاکید داشتند که روی مدارس دختران بیشتر کار کنید چون مدارس اسلامی دخترانه کم است". 

وی درباره علت انتخاب این مدرسه به عنوان اقامتگاه امام راحل معتقد است "مدرسه رفاه یک مدرسه انقلابی بود و امام هم با همه آقایانی که در مدرسه رفاه بودند آشنا بود به همین خاطر به مدرسه رفاه و علوی آمد."

بیعت تاریخی همافران نیروی هوایی با بنیانگذار انقلاب اسلامی در مدرسه رفاه

علت انتخاب رفاه به‌عنوان اولین محل اقامت امام، آشنایی ایشان با مدیران مدرسه و همچنین تشکیل جلسات شورای استقبال  در این مدرسه بود. علی دانش‌منفرد عضو شورای مرکزی ستاد استقبال از امام خمینی و مسئولان مدرسه رفاه چنین می‌گوید "مدرسه رفاه مدرسه‌ای بود که چهره‌هایی مثل شهید بهشتی،‌ شهیدباهنر و آیت‌الله رفسنجانی و یک سری بازاریان مبارز برای اینکه یک تربیت اسلامی و مبارز به دختران ایران بدهند، یک مدرسه نمونه به‌صورت تعاونی با مدیریت این بزرگان تشکیل شد و چهره‌های مبارز در آن بودند."

از جمله مهم‌ترین اتفاقاتی که در مدرسه رفاه در آن زمان رخ داد، دستگیری سران وابسته به رژیم سابق و محاکمه و اعدام آنها، تشکیل دولت موقت مهندس بازرگان و بیعت همافران با امام خمینی بود. بعد از مدتی اقامتگاه امام از رفاه به مدرسه علویمنتقل شد. مدرسه‌ای که هرچند موسسانش مانند «رفاه» انقلابی نبودند، اما از حضور امام استقبال کردند. به گفته دانش منفرد "امام هم وقتی نهضت اوج گرفت به مدرسه علوی پشت مدرسه رفاه رفتند، ایشان ورودشان در مدرسه رفاه بود اما به‌علت کمبود جا به مدرسه علوی رفتند. امام آنجا برای مردم سخنرانی می‌کردند اما کمیته استقبال در مدرسه رفاه مرکز مدیریت انقلاب، تشکیل هیئت دولت و اسلحه‌خانه انقلاب شد."

یکی از دیدارهای امام خمینی در مدرسه علوی تهران

علوی دومین اقامتگاه بنیانگذار انقلاب به‌شمار می‌رفت تا اینکه در  یک سخنرانی در جمع طلاب علوم دینی قم که در مدرسه علوی تهران به حضور ایشان رسیده بودند، وعده دادند که در چند روز آینده به قم مراجعت می‌کنند. امام در این دیدار فرمودند "من ان‌شاءاللّه‌ بعد از چند روز دیگر می‌آیم خدمت شما به قم، ان‌شاءاللّه‌ آنجا در خدمتتان خواهم بود... من خادم شما هستم." (صحیفه امام ج 6 ، ص 23)

رهبر انقلاب در تاریخ 10 اسفند 57 بعد از 14 سال دوری از این شهر، به قم بازگشتند و مردم قم استقبال بزرگی از ایشان تریبت دادند. ایشان در مدت حضور در قم در بعد از اتمام ملاقات با مراجع به منزلی در خیابان «ساحلی» قم، که از سوی ستاد استقبال از حضرت امام در قم تشکیل شده بود و مسئولیت آن در قم به عهده آیت‌الله یزدی بود اسکان یافتند.

دیدار امام با مراجع و علما هنگام ورود به شهر مقدس قم در سال 57

هرچند قصد اولیه امام خمینی اقامت در قم بود، اما 11 ماه بعد در دوم بهمن 1358 در اثر ابتلا به بیماری قلبی و لزوم معالجه در تهران به این شهر بازگشتند و تا پایان عمر در تهران اقامت گزیدند. امام ابتدا در بیمارستان قلب شهید رجایی بستری شد و بعد از آن مدتی در خانه حاج آقا مشرف در دربند تهران سپری کرد.

در 27 اردیبهشت سال 1359 امام خمینی از دربند به جماران نقل مکان کرده و در خانه‌ای 150 متری سکونت گزیدند که در مجاورت حسینیه جماران قرار داشت.

امام خمینی تا پایان عمر مبارکشان در این خانه سکونت داشتند و همه ملاقات‌ها، دیدارها و پیام‌های ایشان در همین بیت ساده انجام می‌شد. حجت‌الاسلام و المسلمین رحیمیان عضو اصلی دفتر امام در کتاب "در سایه آفتاب" درباره چگونگی تقسیم کار در دفتر جماران می‌گوید: "دفتر حضرت امام در جماران در آغاز، منحصر در چهار اتاق کوچک بود که بالاتر از حسینیه و در کنار محل سکونت امام قرار داشت. یک اتاق، تلفن خانه بود که پاتوق مرحوم حاج احمدآقا نیز در همانجا بود. اتاق دیگر محل استقرار و کار جناب آقای رسولی محلاتی و حقیر و مرحوم شهید سلیمی بود...."

وی در ادامه می‌افزاید "تقسیم کار در دفتر امام عمدتاً به اینگونه بود که مرحوم حاج احمدآقا نقش اول را در همراهی، خدمت و اهتمام به امور امام ایفا می‌کرد و هرچند همگان بعد از امام بالاترین حرمت را برای ایشان قائل بودند و او تنها کسی بود که شایستگی عنوان ریاست دفتر امام را داشت، لیکن هیچگاه برای خود عنوان خاصی قائل نبود. آقایان رسولی محلاتی و صانعی که از قدیمی‌ترین یاران بودند و این حقیر، ارتباط مستقیم با حضرت امام داشتیم و صبح‌گاه هرروز کاری به اتفاق به خدمت امام شرفیاب می‌شدیم... آقای توسلی مسئول تنظیم ملاقات‌های عمومی بود که با هماهنگی مرحوم حاج احمدآقا انجام می‌گرفت و ساعاتی هم پاسخگوی مسائل شرعی بود. آقای آشتیانی برنامه عقدهایی که توسط امام انجام می‌گرفت تنظیم می‌کرد..."

حسینیه جماران در اوایل حضور امام خمینی. دیوارها تازه کشیده شده و به شدت ساده و بی آلایش است

آنچه همگان در گذشته و حال بر آن اتفاق نظر دارند، سادگی بیت و حسینیه جماران در زمان حضور امام خمینی در آنجاست. منزل کوچک و ساده امام خمینی در جماران جایگاه انسانی بود که بر اریکه دلهای مشتاق صدها میلیون مسلمان و آزاده جهان حکومت می‌کرد اما وقتی شوارد نادزه وزیر خارجه اتحاد جماهیر شوروی به ایران آمد، در اتاق امام جا به اندازه همه همراهان وی نبود. فرزند ایشان مرحوم حاج احمد نیز با‌ آنکه هر نوع امکاناتی برای او قابل دسترسی بود و انبوه اموالی بصورت هدیه و نذر تقدیم امام(ره) می‌شد اما از حداقل امکانات مادی بهره گرفت و در همان خانه محقر امام در جماران دار فانی را وداع گفت.