با وجود این حتی این روزگار خوش هم مانع از ایجاد جنجال و حاشیه در اردوگاه سرخ‌ها نشده. در حقیقت پرسپولیس آن قدر جذابیت خبری دارد که هر اتفاقی در آن به سرعت می‌تواند مرز نکته و حاشیه را رد کند و به بحران تبدیل شود. مثلا این که علی علیپور، سازنده گل دوم پرسپولیس در بازی با فولاد، چرا در شادی گل گادوین منشا شرکت نکرد، به سادگی تبدیل به یک دغدغه مهم شده و این روزها مدام در مورد آن حرف زده می‌شود. در باشگاه‌هایی مثل پرسپولیس و استقلال، حتی حضور یا عدم حضور بازیکنان در شادی گل‌های همدیگر هم می‌تواند تبدیل به یک «مساله» بشود. با این همه اما، این روزها حاشیه اصلی پرسپولیس چیز دیگری است و مربوط به علیرضا بیرانوند می‌شود؛ درخشان‌ترین چهره تیم ملی ایران در جام جهانی روسیه که بر خلاف انتظارها در مسابقات لیگ نیمکت‌نشین شده و همین مساله ابهامات زیادی را به وجود آورده است.
برانکو در دو مسابقه اول به بوژیدار رادوشوویچ بازی داد و همزمان شایعات زیادی در مورد جدی شدن مذاکرات بیرانوند با باشگاه بشیکتاش و انتقال او به لیگ ترکیه حتی قبل از پایان نیم‌فصل اول بر سر زبان‌ها افتاد. در عین حال اخبار ضد و نقیضی در مورد بازی کردن بیرانوند در مسابقه پنج‌شنبه با استقلال خوزستان به گوش می‌رسد؛ مسابقه‌ای که اگر قرار باشد تداوم نیمکت‌نشینی «بیرو» را به همراه بیاورد، باید گفت موضوع دیگر کاملا جدی خواهد شد. برانکو در واکنش به پرسش‌ها پیرامون خشمش از بیرانوند فقط به گفتن یک جمله بسنده کرد: «این حرف‌ها جوک است.» با وجود این پرسپولیسی‌ها پیش از آن که بیش از حد خوشحال شوند، بهتر است به یاد بیاورند که برانکو در مورد بقیه بازیکنان خاطی تیمش هم همین حرف‌ها را می‌زد و هرگز حاضر نشد اختلاف با آنان را در رسانه‌ها تایید کند. به طور کلی تجربه نشان می‌دهد مربی کروات در سختگیری نسبت به بازیکنان بی‌نظم بسیار مصمم است و راحت‌تر از آن چه فکرش را بکنید این گروه از بازیکنان را تنبیه می‌کند. او دقیقا هر فصل پروژه‌های تنبیهی در تیمش داشته که این روند به صورت متصل تا امروز ادامه داشته است.
لیگ چهاردهم: پیام صادقیان و محمد عباس‌زاده
برانکو اواخر لیگ چهاردهم به پرسپولیس آمد و تنها چند هفته پایانی را روی نیمکت سرخپوشان نشست اما کار تصفیه تیم را از همان زمان استارت زد. اولین پروژه جدی ایوانکوویچ، حذف بی‌رحمانه پیام صادقیان بود. پیام که آن روزها در اوج شهرت به سر می‌برد تنها چند هفته قبل از ورود برانکو به تهران فستیوال خمیازه‌هایش را مقابل چشم حمید درخشان راه انداخت و تنبیه نشد. با وجود این انگار قرار بود او تاوان همه بدقلقی‌هایش را یکجا پس بدهد. بنابراین برانکو به طور کامل صادقیان را از برنامه‌های تیم حذف کرد و با وجود صعود پرسپولیس به مرحله یک‌هشتم نهایی لیگ قهرمانان آسیا حاضر نشد از پیام استفاده کند. برانکو همین رویه را در مورد محمد عباس‌زاده هم که آن روزها از ریل طبیعی خارج شده بود، در پیش گرفت. آخر فصل هر دو بازیکن حذف شدند. هر دو هم طی چهار سال گذشته بارها از برانکو خواسته‌اند یک فرصت دیگر در اختیارشان بگذارد اما مرد کروات چنین موقعیتی به آنها نداده است.
لیگ پانزدهم: جلال حسینی
این شاید بدترین اشتباه «فنی» برانکو در پرسپولیس بود. پیش از آغاز لیگ پانزدهم و در طول مدتی که ایوانکوویچ به منظور پشت سر گذاشتن تعطیلات در کشورش به سر می‌برد، نژادفلاح به عنوان سرپرست وقت باشگاه پرسپولیس با جلال حسینی برای بازگشت به این تیم به توافق نهایی رسید و دو طرف کنار یکدیگر عکس هم انداختند اما نهایتا برانکو با حضور حسینی در تیمش مخالفت کرد. آن تصمیم قطعا به اندازه از دست دادن یک قهرمانی برای پرسپولیس هزینه دربرداشت اما برانکو هرگز در موردش توضیح نداد. بسیاری بر این باورند که چون باشگاه در آن مقطع بدون هماهنگی با او پای میز مذاکره با جلال نشست و به توافق رسید، مربی کروات قید این بازیکن را زد. حسینی آن سال به نفت تهران رفت و سال بعدش با موافقت برانکو به پرسپولیس برگشت.
لیگ شانزدهم: رامین رضاییان
مهدی طارمی و رامین رضاییان با هم پرسپولیس را قال گذاشتند و به ترکیه رفتند. در نهایت نیز با هم به این تیم برگشتند اما برانکو رامین را مقصر اصلی می‌دانست. در نتیجه طارمی فقط با تحمل سه هفته نیمکت‌نشینی به ارنج برگشت و آقای گل شد اما رضاییان هفته‌ها انتظار کشید تا بتواند چند دقیقه بازی کند. پس از آن هم برانکو که به دنبال بهانه‌ای برای حذف رضاییان می‌گشت، این بهانه را در پی درگیری او با علی علیپور پیش از بازی آسیایی قرمزها پیدا کرد و عذر رامین را برای همیشه خواست.
لیگ هفدهم: محسن مسلمان
این موضوع مربوط به فصل گذشته است و تازه‌تر از آن به نظر می‌رسد که نیاز به توضیح داشته باشد. از برانکو هزار بار در مورد نیمکت‌نشینی ناگهانی بهترین پاسور لیگ سوال شد و او هزار بار اختلافش با مسلمان را تکذیب کرد اما آخرش مسلمان از همان نیمکت به اصفهان منتقل شد! گفته می‌شود برخی رفتارهای مسلمان در تمرینات، اعتراضش به تعویض و عدم تابعیت او از کادر فنی باعث خشم برانکو شده بود.
لیگ هجدهم: علیرضا بیرانوند؟
بیرانوند بعد از جام جهانی در چند جلسه تمرینی اول سرخپوشان حاضر نشد و برانکو هم به سرعت نسبت به این مساله واکنش نشان داد. سرمربی پرسپولیس دو بار در جمع خبرنگاران گفت: «دوره استراحت ملی‌پوشان به پایان رسیده و انتظار داریم بیرانوند در تمرینات حاضر شود.» اما باز هم خبری از علیرضا نشد تا برانکو لحنش را تندتر کند. وقتی خبرنگاران به ایوانکوویچ یادآوری کردند که بیرانوند پیشنهاد دارد و ممکن است به همین دلیل از حضور در تمرینات خودداری کرده باشد، مربی کروات گفت: «من هم پیشنهاد دارم اما می‌بینید که در تمرین حاضر هستم.» از همان زمان می‌شد حدس زد این جمله برانکو برای بیرانوند گران تمام خواهد شد. بیرو ۲۴ ساعت بعد از این مصاحبه با باشگاه تفاهم کرد و به تمرینات برگشت اما حالا دو بازی اول فصل را از دست داده و معلوم نیست این روند تا چه زمانی ادامه داشته باشد. حالا اگر بیرانوند پنج‌شنبه در اهواز بازی کند یعنی با او بر اساس مدل «طارمی» رفتار شده، اما اگر پنج‌شنبه هم خبری از این گلر ملی‌پوش نشد، بیم تبدیل شدن او به امثال مسلمان و رضاییان قوت خواهد گرفت!»
