بی‌شک پس از وفات مرحوم امام خمینی، تفکر و اندیشه ایشان از سوی گروه‌های سیاسی ایران مورد تحریف واقع شد و نگرش واژگون‌شده‌ای از اندیشه ایشان بیان گشت. این موضوعی است که شخص رهبر معظم انقلاب؛ آیت‌الله خامنه‌ای نیز بدان اشاراتی داشته و صریحا بیان کرده بودند که عده‌ای در داخل قصد دارند امام خمینی را تحریف کنند.

باید بی‌پرده گفت جریان تحریف امام خمینی در ایران بیشتر از سوی گروه‌های موسوم به اصلاح‌طلب رخ داد، البته این بدان معنی نیست که سایر گروه‌ها در این امر بی‌تأثیر و ‌بی‌تقصیر بودند. 

واقعیت این است که شخص امام خمینی از اندیشه و عمل روشنی برخوردار بوده است و در مورد ایشان ابهام یا معمای چندانی وجود ندارد. این موضوع موجب شده است که امروزه به راحتی بتوان تشخیص داد که اگر مثلا گروهی موضعی نسبت به ایشان گرفت و تعریفی از سیاست ایشان ارائه داد، آیا منطبق بر مکتب و اندیشه حضرت امام بوده است یا خیر.

نصوصی از امام خمینی به شکل صریح و شفاف وجود دارد؛ اما با این حال ما شاهد بوده‌ایم که در طول این سال‌ها برخی جریانات سیاسی به جای آن که خودشان را با امام خمینی تطبیق دهند؛ سعی داشتند امام را با خود منطبق سازند. این افراد وقتی شکاف نظری و عملی بین خود و امام خمینی احساس می‌کنند به تفسیر حرف‌های امام خمینی روی می‌آورند تا از این نظرگاه این شکاف نظر و عمل در چشم مردم چندان رخ عیان نکند.

اما تحریف امام خمینی سویه دیگری نیز دارد. وقتی از تحریف سخن گفتیم منظور اقداماتی بود که از سوی برخی جریانات جهت کسب منفعت و فرصت انجام می‌شد. اما گاهی افراد به دلیل فقدان مطالعه و آگاهی نسبت به امام خمینی دچار سوبرداشت می‌شوند و با همین خوانش درمورد ایشان به سخن می‌پردازند. این نوع تحریف چه بسا از سوی علاقه‌مندان به ایشان نیز صورت بگیرد. امروزه متأسفانه فضای رسانه‌ای این بستر را ایجاد کرده است که تحریف امام خمینی حتی در اندیشه خودِ نیروهای انقلابی و مذهبی نیز رسوخ کند.

درمورد علل وقوع این تحریف می‌توان دلایل زیادی را برشمرد، اما جالب توجه است که اساسا گروه‌های سیاسی در ایران قصد ندارند نگرش و مکتب خودشان را خلاف نظر امام خمینی جلوه دهند؛ حتی نیروهای اصلاح‌طلب در ایران خودشان را فرزندان معنوی امام خمینی می‌نامند. اما این افراد در فضای سیاسی گاهی از برخی نظرات امام خمینی که بنا بر اقتضای زمانه یا یک مصلحت رخ داده است سواستفاده می‌کنند تا مبنای نظری کنش سیاسی خود را تقویت نمایند. این دسته از افراد، اگر دوست حقیقی امام خمینی هستند باید در نظر داشته باشند که با اندیشه‌های او بازی کردن نه تنها خدمت نیست بلکه نوعی خیانت به حساب می‌آید. افزایش آگاهی عمومی بهترین راه برای مقابله با این وضعیت است.

امروزه برای ترویج اندیشه امام خمینی اقداماتی را می‌توان انجام داد. در وهله اول، راه‌اندازی حلقه‌های مطالعاتی از سوی افراد است. این حلقه‌ها و به خوانش درآوردن اندیشه امام خمینی سهم قابل توجهی در تبیین منطق اصلی فکر ایشان دارد. در وهله دوم متخصصان باید ورود پیدا کنند و موضوع مهمِ سیره عملی ایشان را به درستی مشخص نمایند. این کار نشان خواهد داد که اساسا مصلحت و اقتضای زمانه در اندیشه ایشان چگونه بوده است و اینکه چگونه امام خمینی نسبت به اصول اصلی کوتاه نمی‌آمدند و بر آنها اصرار می‌ورزیدند.