پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی در این باره نوشت: علی مطهری فرزند شهید در مورد اخلاص ایشان و عدم تلاش برای خودنمایی چنین می‌گوید: «در روزهای بعد از پیروزی انقلاب یک‌روز ناراحت‌بودم که چرا نقش ایشان در انقلاب را نمی‌دانند و احیاناً استاد را غیر انقلابی می‌نامند. به ایشان گفتم افرادی که نقششان در انقلاب بسیار کمتر از شماست، اسمشان بر سر زبان‌هاست، ولی شما که نزدیک‌ترین فرد به امام هستید برای مردم و دانشجویان ناشناخته هستید. استاد فرمودند: آخر من به اندازه‌ی آقای طالقانی و آقای منتظری زندان نرفته‌ام.»
روز ۱۲ اردیبهشت ۱۳۵۸ آیت‌الله مرتضی مطهری از مبارزان با سابقه توسط گروهک فرقان ترور شد و به شهادت رسید.
ضاربان شهید مطهری در تماس با روزنامه‌های کثیرالانتشار خود را اعضای گروه فرقان معرفی کرده و از ترور چندین تن از شخصیت‌های سیاسی و مذهبی در آینده خبردادند. در اطلاعیه‌ای دلایل ترور شهید مطهری از دید این گروهک چنین توضیح داده شده‌بود: «۱- همکاری با رژیم طاغوتی قبلی ۲- همکاری با رژیم ضد توحیدی فعلی و طراحی سیاست‌های دیکتاتوری آخوندیسم ۳- مفسد فی‌الارض ۴- بدعت‌گذاری در دین و جعل اصطلاح دروغین «ماتریالیسم منافق» ۵- کوشش برای بازسازی ارتش ضد ملی ۶- سکوت در برابر کشتار وحشیانه خلق مسلمان کرد، ترکمن‌صحرا و... توسط ارتش»
در جریان محاکمه اکبر گودرزی سرکرده‌ی گروهک فرقان هم وی توجیهات مضحک و شگفت‌آوری را برای توجیه ترور شهید مطهری مطرح‌کرده و این عالم بزرگ شیعه را به‌علت قدرت‌طلبی، همکاری در جهت سرکوب مردم و افسادفی‌الارض، بدعت‌گذاری در دین با ابداع اصطلاحاتی مانند «ماتریالیسم منافق»، نقد مغرضانه تفاسیر قرآنی فرقان، رابطه با سید حسین نصر رئیس دفتر فرح پهلوی و اشغال‌کردن کرسی استادی دانشگاه تهران بدون دانستن زبان خارجی و عضویّت در شورای انقلاب محکوم‌می‌کند. اما آیا این اتهامات مبنا و توجیهی داشت و دلایل و انگیزه‌های واقعی فرقان از ترور شهید مطهری بود؟
گودرزی درحالی شهید مطهری را به قدرت‌طلبی و سرکوب مردم متهم می‌کند که وی در اوایل ورود حضرت امام(ره) به تهران از ایشان می‌خواهد: «اجازه بدهید من بروم سراغ کارهای علمی‌ام» اما از آنجا که حضرت امام(ره) مشارکت استاد مطهری در جریان تحوّلات نهضت انقلاب را مهم و اثرگذار می‌دانستند خطاب به ایشان می‌فرمایند: حالا شما صبر کنید که این مسائل بگذرد، بعد بروید.»
علی مطهری فرزند شهید در مورد اخلاص ایشان و عدم تلاش برای خودنمایی چنین می‌گوید: «در روزهای بعد از پیروزی انقلاب یک‌روز ناراحت‌بودم که چرا نقش ایشان در انقلاب را نمی‌دانند و احیاناً استاد را غیر انقلابی می‌نامند. به ایشان گفتم افرادی که نقششان در انقلاب بسیار کمتر از شماست، اسمشان بر سر زبان‌هاست، ولی شما که نزدیک‌ترین فرد به امام هستید برای مردم و دانشجویان ناشناخته هستید. استاد فرمودند: آخر من به اندازه‌ی آقای طالقانی و آقای منتظری زندان نرفته‌ام.»
نکته‌ی مهم دیگر این بود که شهید مطهری در جریان رویدادهای کردستان و ترکمن‌صحرا هیچ مداخله‌ی مستقیمی نداشت و دولت موقّت و ارتش از یک‌سو و آیت‌الله طالقانی از سوی شورای انقلاب، به‌طور جدی در این مسئله درگیر بودند و شهید مطهری صرفاً با حضور در جلسات شورای انقلاب در این زمینه اظهار نظر می‌کرد، اما گودرزی که به‌دنبال بهانه‌ای برای توجیه اقدام خود و همدستانش بود بر ادعای خود پافشاری می‌کرد.
از سوی دیگر شهید مطهری از مقطع پیش از پیروزی انقلاب اسلامی با درک نتایج مخرّب و زیان‌بار تفاسیر التقاطی و مارکسیستی گودرزی به روشنگری در این زمینه پرداخت. حجت‌الاسلام ناطق نوری در مورد جدّیّت شهید مطهری در برخورد با انحرافات فکری اکبر گودرزی می‌گوید: «اولین کتابی که از گروه فرقان به‌دستم رسید، جزوه‌ی تفسیر سوره‌ی فرقان بود. من این کتاب را نزد مرحوم مطهری‌بردم و ایشان هم به من فرمودند: «هرچه از اینها گیرتان آمد برای من بیاور.» ... روزی به ایشان گفتم: «حاج‌آقا شأن شما بالاتر از این حرف‌هاست که وقتتان را صرف لاطائلات این پسرک کنید. ایشان جواب بسیار جالبی داد و فرمود: «فلانی! جوان‌هایی که این کتاب‌ها را می‌خوانند، نمی‌دانند یک بچه‌ای به نام اکبر گودرزی این‌را نوشته، آنها تحت تأثیر این ادبیات و تفسیرهای کذایی و پرجاذبه قرار می‌گیرند. بنابراین من باید پاسخ اینها را بدهم تا جوان‌ها از انحراف مصون بمانند. شأن روحانیّت و ما در این است که جوان‌ها را حفظ کنیم و جلوی هر چیزی را که موجب انحراف آنها می‌شود، بگیریم.»
البته حساسیّت شهید مطهری نسبت به تفاسیر انحرافی منحصر به اکبر گودرزی نبود و اشخاصی مانند حجت‌الاسلام موسوی خویینی‌ها را نیز که قبل از پیرورزی انقلاب تفاسیر چپ‌گرایانه و مارکسیستی از قرآن ارائه‌می‌کردند، در بر می‌گرفت. دکتر علی مطهری در این مورد می‌گوید: «زمانی که رهبر انقلاب رئیس‌جمهور بودند، با ایشان ملاقاتی داشتم. ایشان نقل می‌کردند که یک‌بار آقای مطهری به من گفتند: به محمد خویینی‌ها بگویید این تفاسیری که داری از قرآن می‌کنی، همه خلاف و تفسیرهای مارکسیستی است. به او پیغام بدهید که حتماً پیش من بیاید. من رفتم و پیغام را دادم. بعد از چند ماه آقای مطهری از من پرسید که پیغام را دادید؟ گفتم بله. گفت ولی ایشان که نیامد. همین نشان می‌دهد که این مسئله ذهن شهید مطهری را سخت مشغول کرده‌بود.»
در نهایت شهید مطهری برای روشنگری در مورد تبعات ویرانگر تفاسیر مارکسیستی و التقاطی از قرآن مقدمه‌ای بر کتاب «علل گرایش به مادیگری» با عنوان «ماتریالیسم در ایران» نوشت و ضمن اشاره به اشتباهات و نظریات منحرف کتب تفسیری گروه فرقان نوشت: «ما نظر به اینکه در این نوشته‌ها آثار و علائم خاص و بی‌سوادی را فراوان می‌بینیم، ترجیح می‌دهیم که فعلاً ماتریالیسمی را که به‌صورت تفسیر آیات قرآن در این یکی دو سال اخیر تبلیغ می‌شود، ماتریالیسم اغفال‌شده بنامیم و اگر پس از این تذکرات باز هم راه انحرافی خود را تعقیب کردند، ناچاریم آن ماتریالیسم را ماتریالیسم منافق اعلام‌نماییم.»
چاپ این مطلب باعث‌شد گودرزی کینه شهید مطهری را به‌دل بگیرد و درحالی‌که خود با تفاسیر منحرفش جوانان را به انحراف کشانده‌بود، شهید مطهری را به بدعت‌گذاری در دین اسلام متهم کرده و تعابیر بسیار زشت و نامناسبی را در مورد ایشان به‌کار ببرد.
اتهام دیگر فرقان به شهید مطهری، همکاری ایشان با رژیم پهلوی بود. این درحالی بود که شهید مطهری یکی از مبارزان برجسته‌ی انقلاب اسلامی بود و به‌علت سخنرانی در مساجد، دانشگاه‌ها و سمینارهای مختلف در دهه‌های ۴۰ و ۵۰، مدیریت و سازماندهی مبارزات انقلابی و همکاری در اجرای طرح‌هایی همچون طرح تأمین نفت کشور، ایجاد کمیته‌ی استقبال امام، رهبری نهادهای انقلابی، تحصّن در دانشگاه تهران به‌منظور بازگشت امام، مراقبت از محل اقامت امام، مشارکت در مذاکرات شورای انقلاب با ارتش و نقش‌آفرینی در تشکیل دولت موقت، نقش انکارناپذیری در پیروزی انقلاب اسلامی داشت. ایشان در کنار فعالیت‌های علمی، فرهنگی و تبلیغی، در عرصه‌ی مبارزه هم بسیار فعال‌بودند و بدین علت بارها زندانی، ممنوع‌المنبر و ممنوع‌الخروج نیز گردیدند. از جمله بر طبق اسناد ساواک در یکی از این دستگیری‌ها در سال ۱۳۵۱ پس از سخنرانی مرحوم دکتر شریعتی «در زندان لباس‌هایش را درآورده و به او ناسزا گفته و فوق‌العاده با وی بدرفتاری کرده‌اند و به‌مدت چهل ساعت نور پروژکتور به چشمانش انداخته و او را بی‌طاقت ساخته و سرانجام سؤال کرده‌اند شما چرا اجازه می‌دهید در حسینیه‌ی ارشاد چنین برنامه‌هایی اجرا شود؟ مطهری در پاسخ گفته‌است من مدت سه سال است که هیچ‌گونه مداخله‌ای در امور حسینیه‌ی ارشاد ندارم و اصلاً به آنجا نمی‌روم. سپس وی را آزاد ساخته و گفته‌اند حق ندارید از این جریان با کسی صحبت نمایید.»
در مجموع بهانه‌های فرقان برای ترور شهید مطهری هیچ مبنای شرعی، عقلی و قانونی نداشت و گودرزی و همفکرانش با کج‌فهمی و به‌علت برداشت‌های سلیقه‌ای و خودسرانه و البته با تأثیرپذیری از برخی انقلابیون سطحی‌نگر دست به چنین جنایت جبران‌ناپذیری زده‌بودند.
