رهبر انقلاب در طی دو دهه اخیر بر مسئله تولید علم بسیار تاکید داشته‌اند اما موضوع اسلامی شدن علوم تنها منحصر به علوم انسانی بوده است چرا که این علوم کاملا تحت تاثیر جهان‌بینی هستند.
رهبر انقلاب در اینباره می‌فرماید: "در مورد علوم انسانی که صحبت شد، این نکته را من عرض بکنم؛ آنچه که ما در باب علوم انسانی گفتیم و من تکرار می‌کنم، همان چیزی است که عرض شد: ما بایستی در علوم انسانی اجتهاد کنیم؛ نباید مقلد باشیم"، "علوم انسانی مثل پزشکی نیست، مثل مهندسی نیست، مثل فیزیک نیست که جهان‌بینی و نگرش نسبت به انسان و جهان در آن تأثیر نداشته باشد؛ ...من با ورود علوم انسانی به حوزه علمیه اصلا مخالفتی ندارم. من می‌گویم حوزه‌ی علمیه باید پایه‌های علوم انسانی مبتنی بر تفکر اسلامی و جهان‌بینی اسلام را مستحکم بریزد"
علوم انسانی مثل علم سیاست، اقتصاد، فلسفه، جامعه شناسی، مدیریت و... کاملا تحت تاثیر جهان‌بینی و نگرش اندیشمندان این حوزه هستند. یعنی در تفکر اسلامی، اقتصاد یک مبنای مشخص اسلامی می‌تواند داشته باشد، سیاست و مدیریت یک نگرش اسلامی و قرآنی می‌توانند داشته باشند. اما در علوم تجربی جهان‌بینی نمی‌تواند اثرگذار باشد؛ دانشمندان علم نجوم یا فیزیک‌دانان و پزشکان باید طبق یک محاسبات قابل سنجش و مشهود و آزمایشگاهی کار علمی خود را تبیین کنند.
به قول آیت‌الله سبحانی:
فیزیک، اسلامی و غیر اسلامی ندارد. کیهان‌شناسی باید از طریق خاص شناخته شود. در این مورد شناخت مسلمان و غیر مسلمان یکسان است. این قانون که سه زاویه مثلث، مساوی با دو قائمه است، تبعیض‌پذیر نیست. قانون جاذبه نیوتن، قانون عمومی است و همه باید به نحوی که علم گفته بپذیرند مگر آن که خلاف آن ظاهر شود. بنابراین درباره این علوم بحث اسلامی و غیر اسلامی خارج از موضوع بحث است.
مدتی است که بحث طب اسلامی مطرح شده که مورد اختلاف و تردید شدید بین حوزویان است برای مثال بزرگانی همچون آیت الله مکارم شیرازی و آیت الله جوادی آملی به صراحت وجود علمی به اسم طب اسلامی را منکر شدند و چنین قرائتی از طب را رد کردند. اما در حوزه جریانی قدرتمند از طب اسلامی دفاع می‌کند. آقای تبریزیان که او را پدر طب اسلامی می‌نامند؛ در فضای مجازی و حقیقی مدام علیه طب مدرن موضع می‌گیرد و حتی یکی از کتاب‌های مرجع پزشکی مدرن یعنی کتاب هاریسون را طی یک مراسم به آتش می‌کشد. و هرچند وقت یکبار با سخنان خود موجی را ایجاد می‌کند او معتقد است که بر اساس حدیث و روایات دینی باید بیماران را درمان کرد. و اساس پزشکی بر پایه حدیث و روایات اسلامی می‌باشد.
مخالفت جدی جریان موسوم به طب اسلامی با قرنطینه و اصل واکسیناسیون جزء آخرین مواضع این جریان است. به گونه‌ای آقای تبریزیان مردم را به انجام صله رحم و زیارت در دوران اپیدمی کرونا دعوت می‌کند و قرنطینه را توطئه صهیونیست‌ها می‌داند. مبنای این سخنان هم برداشت غلط از یک حدیث است که طبق آن حدیث " بیماری از شخص به شخص دیگر سرایت پیدا نمی‌کند". البته نظرات ایشان فقط به طب اسلامی محدود نشده و درباره ی نجوم اسلامی! هم مطالبی بیان داشته‌اند از جمله اینکه ایشان گرد بودن زمین و چرخش زمین به دور خورشید را منکر شده‌اند و بزرگ‌تر بودن خورشید از زمین را غیرقابل قبول دانسته‌اند.
هر چند که جریان اسلامی کردن علوم تجربی با مخالفت‌هایی از طرف برخی از مراجع تقلید مواجه شده است اما ظاهرا این ایده برای برخی چنان جذاب است که برخی از نمایندگان اصولگرای مجلس در فکر تاسیس سازمانی برای حمایت از طب اسلامی برآمده‌اند. در طرحی که نمایندگان برای تشکیل سازمان طب اسلامی تهیه کرده‌اند شرایط عضویت در این سازمان از جمله داشتن "مدرک سطح دو حوزه علمیه" و تائید "سه نفر از مجتهدین حوزه طب اسلامی" عنوان شده است. جالب است که در طرح مجلس یادی هم از ابن سینا شده است این در حالی است که ابن سینای حکیم در کتاب قانون طب خود حتی یکبار هم از روایت و حدیث استفاده نکرده بلکه جالینوس را استاد خود معرفی می‌کند و دانش او ربطی به طب اسلامی ندارد. بلکه ایشان را می‌توان استادی بی‌نظیر برای طب سنتی دانست.
حال سوال این است که:
آیا حوزه ی علمیه در زمینه بهداشت و درمان رسالتی دارد؟ آیا حوزه های علمیه ما در زمینه اسلامی کردن علوم انسانی که رسالت آنهاست قدمی برداشته و به نتیجه‌ای رسیده اند؟ آیا اصلا علوم تجربی می‌تواند اسلامی یا غیر اسلامی باشد؟ و سوال آخر اینکه مجلس شورای اسلامی به جای اسلامی کردن علوم تجربی چرا برای تحول در علوم انسانی بسیار کند قدم برمی‌دارد؟