این کشور همواره گرفتار کودتاهای متعدد و خشونت سیاسی بوده‌است. السالوادور در سال ۱۹۳۱ میلادی، به دلیل سقوط قیمت قهوه در بازارهای جهانی با بحران عظیم اقتصادی روبه‌رو شد. اوضاع نابسامان اقتصادی، نارضایتی شدید مردم السالوادور را برانگیخت و شورش‌های دانشجویی و مردمی علیه هرناندز مارتینز آغاز شد. به دنبال این شورش‌ها، جنگ داخلی اوج گرفت و این جنگ سبب شد شمار بسیاری از مردم السالوادور به کشورهای همسایه پناهنده شوند.

این کشور در سال ۱۹۶۹ میلادی با کشور همسایه خود هندوراس بر سر یک گل فوتبال جنگید. پس از آن، جنگ‌های داخلی دوازده ساله (۱۹۷۹–۱۹۹۱) السالوادور زیان‌های فراوانی به نهادها و سازمان‌های این کشور وارد آورد. در این جنگ داخلی که طی سال‌های یادشده بین گروه‌های چریکی چپگرا و نیروهای دولتی السالوادور جریان داشت حدود ۷۵ هزار تن کشته و بیش از هفت هزار تن ناپدید شدند.