بر اساس آنچه در پایگاه اطلاع‌رسانی ریاست‌جمهوری منتشر شده علی یونسی 9 مهر 1392 به عنوان دستیار ویژه رییس‌جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی از حسن روحانی، رییس دولت یازدهم حکم دریافت کرد و به این سمت منصوب شد اما این حکم در دولت دوازدهم تکرار نشده و یونسی ابقاع نشده است.
حسن روحانی در دولت یازدهم، سمت جدیدی را با عنوان «دستیار ویژه رییس‌جمهور در امور اقوام و اقلیت‌های مذهبی» ایجاد و علی یونسی را به این سمت منصوب کرد تا درراستای احقاق حقوق شهروندی که از شعارهای انتخاباتی او بود گامی رو به جلو بردارد. گرچه این سمت در دولت دوازدهم برای بار دیگر تمدید نشده اما یونسی با انتشار پیامی در مهر گذشته سال نو کلیمیان را تبریک گفت درحالی که در پایان این پیام از عنوان دستیار ویژه رییس‌جمهور در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی برای خود استفاده کرد.
همچنین آذر امسال از سوی رییس‌جمهوری به منظور بررسی و ارزیابی روند امدادرسانی و حل مشکلات مردم در مناطق زلزله‌زده شهرستان دالاهو با به این منطقه فرستاده شد تا یوسف شاه‌حسینی، معاون سیاسی و امنیتی استانداری کرمانشاه را همراهی کند.
