1- این که قریب به 10 سال است برای اکوسیستم دانش بنیان در کشور، قانون موثری در مجلس تصویب نشده است، بزرگترین معضل است، چراکه رشد نمایی و سریع این اکوسیستم و تقابل آن با سایر بخش‌های دولتی و حاکمیتی، نیاز به حمایت‌های موثر و بروز شده را می‌طلبد.
2- اینکه بعد از 10 سال مجلس محترم، طرح جامعی را برای حمایت از این اکوسیستم آماده کرده است، بسیار محترم و قابل ستایش است و همین طرح با تمام اشکالات آن نیز در صورتی که تصویب شود، قدمی بزرگ برای توسعه حمایت‌ها و تدقیق آنها و رفع بسیاری از مشکلات است. مشکلات اشاره شده در ادامه متن نیز نافی منافع طرح نمی‌باشند. لکن اگر قرار است مجدداً 10 سال برای قانون جدید منتظر بمانیم، بهتر است در این طرح اندکی بیشتر تامل شود تا فرصت سوزی اتفاق نیفتد.
3- این طرح همزمان با بررسی در کمیسیون صنعت، از جهت بررسی، به بسیاری از نهادها و سازمان‌های دیگر نیز سپرده شد. اصلی ترین چالش هم همین است! این که طرحی که قرار است اصلی‌ترین مخاطبش شرکت‌های دانش بنیان باشند، درصد بسیار بالایی از شرکت‌های دانش بنیان، قبل از تصویب از آن خبر ندارند! لازم به ذکر است جامعه متاثر از این طرح، عمدتاً نخبگان جامعه هستند و علاوه بر آشنایی کامل با مشکلات خود، عموماً شناخت خوبی از محدودیت‌های مجلس و ضوابط قانون‌گذاری دارند و ذهن خلاق آنها، می‌تواند راهکارهای خلاقانه قانونی نیز تولید نماید.
4- اصلی‌تر از چالش قبل، این است که اکوسیستم دانش‌بنیان، به عنوان یک صنف، هیچ تشکل موثر صنفی ندارد که به عنوان نماینده این طرح به آن تشکل سپرده شود و بتوان اطمینان داشت بواسطه ارتباط قوی آن تشکل با اعضای آن، این طرح به اطلاع شرکت‌های دانش بنیان رسیده و نظرات آنها نسبت به طرح اخذ شده و به اطلاع قانون‌گذاران خواهد رسید.
5- طرح جهش دانش‌بنیان، یک طرح سهامی خاص است. آن هم به مبتذل‌ترین نوع آن. هر سازمان و نهاد و وزارت‌خانه و معاونتی، به سهم خود، مطلوبیت‌های خود را در آن گنجانده است. ابتذال ماجرا هم در آن است که کوچکترین تلاش موثری در هم سویی ادبیات طرح نشده است و فعالان این حوزه، به راحتی می‌توانند حدس بزنند ادبیات هر ماده، سهم کدام وزارت‌خانه است. در مواردی حتی اینکه تبصره‌های هر ماده سهم کدام معاونت آن وزارت‌خانه هست نیز قابل تشخیص است!
6- تجربه واگذاری استخراج نیازهای تکنولوژیک هر سازمان دولتی به خود سازمان، تجربه‌ای شکست خورده است که در مطلع و قاموس این قانون حضور آن لمس می‌شود. کارگزاران بخش خصوصی حوزه تکنولوژی، در تعامل با معاونت علمی و فن‌آوری و صندوق شکوفایی، تجربه بسیار موفقی از استخراج نیازهای تکنولوژیک صنایع محتلف را در سالیان اخیر داشته‌اند.
7- ترمینولوژی در حوزه دانش‌بنیان و تعریف مشخصات لغاتی همچون فن‌آور، استارت‌آپ، دانش بنیان و ... ، همواره مورد چالش بوده است. با اینکه این قانون می‌تواند این معضل را حل نماید، با استفاده از کلیه عبارات فوق بدون تعریف دقیقی از آن، موجبات تفسیرهای نادرست و چالش‌آفرین از آن در آینده را فراهم نموده است.
8- ساختارسازی مضاعف، در حالی که دولت همواره شعار کوچک شدن سر میدهد و در مدیریت ساختارهای فعلی خود نیز مشکلات عدیده دارد، یکی از بزرگترین چالش‌های این طرح است که نتیجه مشخص سهامی خاص بودن این طرح است. "صندوق دولتی توسعه ضمانت فن‌آوری" و "صندوق حمایت از طراحی مهندسی و ماشین‌سازی ایران" دو نمونه از این ساختارهای نوظهور هستند که در قانون وجه ممیزه مشخصی برای آنها جهت اثبات ضرورت تشکیل آنها ذکر نشده است.
9- یکی دیگر از چالش‌های این طرح، تلاش برای احیا طرح‌های مرده و ناکارآمد است. یکی از این طرح‌ها، "نمایشگاه ساخت ایران" است که در قانون مورد اشاره، حمایت بسیار بالایی از آن شده است. گسترش حمایت نمایشگاهی به نمایشگاه‌های تخصصی، بسیار ابزار موثرتری نسبت به تمرکز حمایت بر یک نمایشگاه نوظهور فرمایشی کم مخاطب است.
10- یکی از جنبه‌های طنز این قانون، اشاره به ارقام ریالی است. ماده 13 که تصویب و اجرای آن کمک بسیار بزرگی به شرکت‌های نوپا می نماید، به عدد گردش مالی مشخصی در سال اشاره کرده است که ثابت ماندن این عدد (500 میلیون) با توجه به ناپایداری‌های اقتصادی و کاهش ارزش پول در جامعه، عملاً معقول نیست و مکانیزم پویایی برای به روز کردن آن باید در نظر گرفته شود.
11-در نهایت باید گفت نگاه اصلی قانون‌گذاران در حمایت از اکوسیستم دانش‌بنیان، نگاه بهبود ارتباط این اکوسیستم با دولت و حاکمیت به عنوان مشتری است. محدود شدن حمایت‌ها به این نگاه، و غافل شدن از حمایت اکوسیستم دانش بنیان در تعامل با بخش خصوصی، یکی از اصلی ترین خلاهای این طرح است. بسیاری از حمایت‌های مالیاتی و بیمه‌ای و . . . می‌تواند برای بخش خصوصی در ارتباط با اکوسیستم دانش‌بنیان تعریف شود که مشوق آنها قرار بگیرد و قطعاً ارتباط شرکت‌های دانش‌بنیان با بخش خصوصی، ارتباطی پایدارتر خواهد بود.