فارس نوشت: «خلیل آقایی رئیس سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری کشور شب گذشته بازداشت شده است.
در این زمینه یک منبع آگاه گفت: روز شنبه خلیل آقایی به دادسرای ویژه کارکنان دولت احضار می‌شود و به سازمان جنگل‌ها برنمی‌گردد.
بر اساس پیگیری‌های انجام شده، خبر بازداشت وی تأیید شد.»
به گزارش الف، دیده‌بان شفافیت و عدالت در تاریخ ۱۱ اردی‌بهشت ۱۳۹۸، با ارسال نامه‌ای به رئیس جمهور خواستار عزل آقایی، معاون وزیر و رئیس سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری کشور شده بود و در نامه‌ای دیگر خطاب به دادستان وقت تهران نسبت به وی اعلام جرم کرده بود.
در همان روزها، احمد توکلی، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و رئیس هیات مدیره دیده‌بان شفافیت و عدالت با ارسال نامه‌ای به حسن روحانی رئیس جمهوری کشورمان از عملکرد خلیل آقایی رئیس سازمان جنگل‌ها، به دلیل اقدامات و اظهارات قانون گریزانه‌اش در منع تعقیب تصرفات غیرقانونی منابع طبیعی گلایه کرده و خواستار عزل وی شده بود. (اینجا را بخوانید)